Latar Belakang: Tingkat kepuasan pengguna suatu sistem penting diketahui untuk menentukan kualitas sistem tersebut. Aplikasi Mobile JKN merupakan kanal layanan tanpa tatap muka berbasis digital yang bertujuan untuk memfasilitasi peserta BPJS dalam mendapatkan informasi dan layanan administrasi kepesertaan terkait program JKN dengan memanfaatkan teknologi informasi dalam bentuk aplikasi melalui smartphone sehingga dapat diakses dalam berbagai lokasi. Tujuan: Diketahuinya tingkat kepuasan pengguna sistem antrean online aplikasi Mobile JKN dengan metode End User Computing Satisfaction di Klinik Pratama SWA Kabupaten Sleman. Metode: Penelitian ini menggunakan jenis penelitian deskriptif dengan pendekatan kuantitatif. Populasi penelitian ini merupakan pengguna antrean online aplikasi Mobile JKN di Klinik Pratama SWA dengan jumlah sampel sebanyak 100 responden. Pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan kuesioner. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan tingkat kepuasan pengguna sistem antrean online aplikasi Mobile JKN dimensi content diperoleh nilai mean 4,00 (kategori Puas), dimensi accuracy diperoleh nilai mean 3,94 (kategori Puas), dimensi format diperoleh nilai mean 3,93 (kategori Puas), dimensi ease of use diperoleh nilai mean 3,90 (kategori Puas), serta dimensi timeliness diperoleh nilai mean 3,79 (kategori Puas). Kesimpulan: Tingkat kepuasan pengguna sistem antrean online aplikasi Mobile JKN di Klinik Pratama SWA diperoleh hasil 3,91 dengan kategori Puas.