Latar belakang: Stunting merupakan masalah kesehatan serius yang berdampak pada pertumbuhan fisik dan perkembangan kognitif anak. Faktor risiko stunting antara lain status gizi ibu, berat dan panjang badan lahir bayi, serta riwayat BBLR. Pemerintah telah menerapkan program pemberian makanan tambahan (PMT) berbasis pangan lokal yang dinilai lebih terjangkau dan bernilai gizi tinggi. Namun, efektivitasnya masih perlu dikaji lebih lanjut. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis perbedaan efektivitas pemberian PMT berbasis pangan lokal dari Dinas Pangan dan Dinas Kesehatan terhadap kenaikan tinggi badan pada balita stunting. Tujuan: Diketahui perbedaan pemberian makanan tambahan (PMT) berbasis pangan lokal program Dinas Pangan dengan Dinas Kesehatan terhadap kenaikan tinggi badan pada balita stunting. Metode: Jenis penelitian ini adalah observasional analitik dengan pendekatan kohort retrospektif. Total sampel 64 orang dengan masing-masing kelompok 32 orang. Instrumen yang digunakan yaitu lembar observasi. Analisa data dengan uji Wilcoxon, Paired t Test dan Mann Whitney. Hasil: Diperoleh rata-rata kenaikan tinggi badan balita stunting setelah pemberian makanan tambahan adalah 2,1 cm dengan nilai p = 0,000 pada kelompok Dinas Pangan. Sedangkan pada kelompok Dinas Kesehatan, seluruh balita mengalami kenaikan tinggi badan setelah PMT dengan hasil uji Wilcoxon p = 0,000. Berdasarkan uji Mann-Whitney terdapat perbedaan efektivitas yang signifikan antara kedua kelompok dengan nilai p = 0,012. Kesimpulan: Terdapat perbedaan pemberian makanan tambahan (PMT) berbasis pangan lokal program Dinas Pangan dengan Dinas Kesehatan terhadap kenaikan tinggi badan pada balita stunting di Wilayah Kerja Puskesmas Rongkop Kabupaten Gunungkidul. Kesimpulan: Terdapat perbedaan pemberian makanan tambahan (PMT) berbasis pangan lokal program Dinas Pangan dengan Dinas Kesehatan terhadap kenaikan tinggi badan pada balita stunting di Wilayah Kerja Puskesmas Rongkop Kabupaten Gunungkidul. Kata kunci: Stunting, PMT, Pangan Lokal