Latar Belakang: Deparafinisasi merupakan tahap penting dalam proses pewarnaan jaringan histologi untuk menghilangkan parafin sebelum pewarnaan. Xylol sebagai agen deparafinisasi standar diketahui memiliki efek toksik bagi kesehatan dan lingkungan. Minyak kelapa murni digunakan sebagai alternatif agen deparafinisasi yang lebih aman dan ramah lingkungan. Tujuan Penelitian: Untuk mengetahui kualitas pewarnaan hematoksilin eosin pada jaringan hepar mencit (Mus musculus) menggunakan minyak kelapa murni sebagai agen deparafinisasi dibandingkan dengan xylol. Metode Penelitian: Penelitian ini menggunakan desain cross-sectional dengan pendekatan observasional. Sampel berupa jaringan hepar mencit dibagi dalam dua kelompok: deparafinisasi menggunakan xylol dan minyak kelapa murni. Kualitas pewarnaan hematoksilin eosin dinilai berdasarkan kejelasan warna inti, kejelasan warna sitoplasma, keseragaman, dan kejernihan pewarnaan menggunakan sistem skoring dan dianalisis secara deskriptif. Hasil Penelitian: Hasil pengamatan menunjukkan bahwa preparat yang dideparafinisasi menggunakan minyak kelapa murni yang dipanaskan pada suhu 50°C selama 10 menit menghasilkan kualitas pewarnaan yang setara dengan xylol. Seluruh preparat pada kedua kelompok mendapatkan skor tertinggi yang menunjukkan hasil kejelasan warna inti dan sitoplasma baik, kejernihan pewarnaan baik serta keseragaman pewarnaan baik. Kesimpulan: Minyak kelapa murni pada suhu 50°C selama 10 menit sebagai pengganti xylol pada proses deparafinisasi menghasilkan kualitas pewarnaan hematoksilin eosin (HE) pada jaringan hepar mencit yang setara dengan xylol Kata Kunci: Minyak kelapa murni, xylol, deparafinisasi, pewarnaan hematoksilin eosin.