Latar Belakang: Puskesmas Ngampilan Kota Yogyakarta sudah menggunakan Simpus sejak tahun 2010. Setelah dilakukan studi pendahuluan ditemukan beberapa masalah seperti Simpus belum terintegrasi dengan aplikasi P-Care, belum pernah dilaksanakan pelatihan, belum terdapat kolom autentikasi elektronik dan bagian kasir masih dilakukan secara manual. Tujuan: Untuk mengetahui tingkat penerapan Sistem Informasi Manajemen Puskesmas (SIMPUS) di Puskesmas Ngampilan Metode Penelitian: Metode penelitian kuantitatif dengan metode Cross Sectional. Populasi pada penelitian ini adalah seluruh pengguna Simpus di Puskesmas Ngampilan sebanyak 25 responden. Variabel penelitian berupa penggunaan Simpus dari aspek Human, Organization dan Technology. Hasil Penelitian: Distribusi responden menunjukkan bahwa sebagian besar responden berjenis kelamin perempuan, dalam rentang usia produktif, tingkat pendidikannya kategori tinggi dan bekerja sebagai PNS. Berdasarkan hasil dari jawaban 25 responden menyatakan tingkat penerapan Simpus di Puskesmas Ngampilan untuk aspek Human mayoritas menilai masih kurang baik (52%) dan aspek Technology juga mayoritas menilai masih kurang baik (52%). Sedangkan tingkat penerapan Simpus pada aspek Organization mayoritas menilai sudah baik dari jawaban 25 responden (60%). Kesimpulan: Tingkat penerapan Simpus di Puskesmas Ngampilan Kota Yogyakarta untuk aspek Human (Manusia) dan aspek Technology (Teknologi) masih kurang baik. Sedangkan tingkat penerapan Simpus pada aspek Organization (Organisasi) sudah baik. Kata Kunci: Sistem Informasi Manajemen Puskesmas, Simpus, rekam medis