Latar Belakang: Rumah Sakit Pusat Angkatan Udara (RSPAU) dr.S.Hardjolukito yang terletak di Banguntapan, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan salah satu rumah sakit rujukan covid-19 sesuai dengan intruksi dari Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta. Di rumah sakit ini juga mendukung pemeriksaan laboratorium penunjang covid-19 diantaranya automated antigen detection (AAD) dan Real Time Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction (rtRT-PCR). Skrining pasien terduga covid-19 di RSPAU dr.S.Hardjolukito dilakukan pemeriksaaan tes AAD, selanjutnya jika ditemukan hasil positif dengan nilai cut of index (COI) berapapun, akan dilanjutkan untuk pemeriksaan rtRT-PCR. Beberapa hasil pasien terduga covid-19 yang diperiksa menggunakan AAD di RSPAU dr.S.Hardjolukito dan didapatkan hasil positif antigen menunjukkan hasil negatif untuk pemeriksaan lanjutan rtRT-PCR. Pemeriksaan lanjutan setelah ditemukan hasil positif AAD adalah dengan dilakukan pemeriksaan rtRT-PCR dan masih membutuhkan waktu 1x24 jam untuk mengetahui hasil rtRT-PCR. Hal ini menyebabkan waktu tunggu pasien terduga covid cukup lama untuk mendapatkan diagnosis penyakitnya, sedangkan pasien harus segera dilakukan tindakan medis lanjutan untuk pengobatan. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui korelasi nilai cut of index (COI) automated antigen detection hasil positif dengan hasil polymerase chain reaction Covid-19 di RSPAU dr.S.Hardjolukito. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian observasional analitik dengan pendekatan cross sectional. Hasil: Penelitian dilakukan dengan menggunakan 201 sampel terkonfirmasi positif AAD. Setelah dilakukan pengolahan didapatkan hasil correlation coefficient antara hasil AAD positif dengan hasil PCR sebesar 0,716. Kesimpulan : Ada korelasi antara nilai Cut of Index (COI) Automated Antigen Detection hasil positif dengan hasil Polymerase Chain Reaction Covid-19 di Rumah Sakit Pusat Angkatan Udara dr. Suhardi Hardjolukito Tahun 2021 dengan kekuatan hubungan kuat yaitu dengan nilai 0,716. Kata Kunci : AAD,PCR, COVID-19