Latar Belakang: Bifidobacterium merupakan genus bakteri asam laktat yang banyak digunakan sebagai probiotik karena manfaatnya dalam menjaga kesehatan saluran cerna dan meningkatkan sistem imun. Madu klanceng diketahui mengandung mikroorganisme yang berpotensi sebagai probiotik. Identifikasi spesies secara akurat diperlukan untuk memastikan keberadaan Bifidobacterium, salah satunya dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Bifidobacterium yang memiliki potensi probiotik dari isolat bakteri madu klanceng yang telah lolos uji ketahanan terhadap pH rendah, garam empedu, serta penambahan mineral Zink dan Fe menggunakan metode PCR Metode: Lima isolat bakteri dari madu klanceng digunakan sebagai sampel. Ekstraksi DNA dilakukan dengan metode fenol-kloroform-isoamil alkohol (PCIA), dilanjutkan amplifikasi DNA menggunakan primer spesifik multiplex untuk genus Bifidobacterium. Hasil amplifikasi dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil: Metode PCR berhasil mengidentifikasi spesies Bifidobacterium, dengan ukuran sesuai spesies B. lactis (382 bp) dan B.adolescentis (1197 bp) dari isolat madu klanceng yang telah diseleksi berdasarkan ketahanan terhadap pH, empedu, dan penambahan mineral Fe dan Zn. Kesimpulan: Penelitian ini membuktikan bahwa madu klanceng mengandung spesies B. lactis dan B. adolescentis. Kata Kunci: Bifidobacterium, probiotik, madu klanceng, PCR, isolat bakteri